– 01/3/1931 – Inauguração do Colégio Paroquial Menino Deus, ao lado da Paróquia do mesmo nome, por Dom João Becker, no terreno administrado pelas Irmãs de Notre Dame.
– 1940 – Foi construído, no fundo da Igreja Menino Deus, um prédio maior para o funcionamento do Colégio.
– 08/10/1943 – Irmãs Franciscanas Bernardinas compram o prédio.
– 1944 – A Escola passa a se chamar Escola Primária Menino Deus, sob a direção das Irmãs Franciscanas Bernardinas. Ainda em 1944, a Escola passa a se chamar Escola Brasileira Americana (EBA) a pedido de Dom João Becker.
– 09/3/1955 – A Escola passa a se chamar Ginásio Maria Imaculada.
– 1977 – A Escola passa a se chamar Escola de 1º Grau Menino Deus.
– 24/6/2014 – Assinatura do Acordo de Cedência entre as Irmãs Bernardinas e a Mantenedora da Rede de Escolas São Francisco.
– 05/01/2015 – A Rede de Escolas São Francisco assume a Escola Menino Deus, sob a Direção Geral do Pe. José Luiz Schaedler, iniciando as obras de reformas e melhorias do prédio. A partir desse ano, passa a se chamar Escola de Ensino Fundamental São Francisco – Menino Deus.
Professor Cristiano Hordejuk
Diretor Pedagógica
Direção da Escola
São Francisco Menino Deus
Diretor Geral
Pe. José Luiz Schaedler
Direção Pedagógica
Cristiano de Souza Hordejuk
Orientação Pedagógica
Viviane Machado Ragagnin
Auxiliar Pedagógico
Luis Cesar de Oliveira e Paula Barbiani Eccel
Pastoral
Flavio Canisio Steffen
Atendente de turno
Adriana Baum Castro e Matheus Ziani de Tolla
Coordenadora Administrativa
Michelle Machado Brusda
Secretaria
Aline Honório Ferraz
Portaria
Ubirajara Sansone