No ano de 1977 começam as atividades da Escola São Vicente Mártir, sonho do Pe. Egidio Finck. O objetivo do fundador era abrir um espaço na área da paróquia para atender as crianças com uma educação de confissão católica. Assim, a Igreja realiza sua missão de levar a Boa Nova de Jesus Cristo, através da Educação. As aulas iniciaram com turmas do maternal, jardim, 1ª a 4ª série, supletivo e integrado. No dia 7 de novembro de 1977, a escola recebeu a autorização do Ministério da Educação para o funcionamento, sob a portaria Lei nº 19.518, tendo como mantenedora a Ação Social São Vicente Mártir.
A Congregação dos Irmãos Lassalistas, pela sua experiência e missão na educação, assume no ano de 1980 a direção pedagógica e administrativa da escola até o ano de 1989, quando a Paróquia São Vicente Mártir, através de seu pároco Pe. Zeno Hastenteufel, reassume a direção. Reorganiza-se a parte pedagógica e administrativa da escola, com lideranças paroquiais e, já no ano seguinte, inicia-se uma reforma no prédio e a construção de novas salas de aula.
No ano de 1993 foi inaugurada a nova escola com a bênção de Dom Osvino Both e a presença do cardeal da cidade de Colônia – Alemanha, colaborador da obra de construção da escola e do ginásio de esportes, que foi construído no ano seguinte e inaugurado no dia 11 de dezembro de 1994, com a preseça do Mons. Michel da Arquidiocese de Colônia.
Ao longo desses anos, a escola caminhou realizando a sua missão de educar no espírito Cristão, tendo à frente na condução dos trabalhos as lideranças da Paróquia São Vicente Mártir. A história da escola e o crescimento dos desafios pastorais da paróquia, a necessidade de uma ampliação, modernização e os desafios da educação levaram o pároco, Pe. Sérgio Belmonte, com o conselho econômico e paroquial a procurar a direção da Rede de Escolas São Francisco, na pessoa do Pe. José Luiz Schaedler, para assumir a direção pedagógica e administrativa da Escola São Vicente Mártir, sabedores estes de sua capacidade e do conceito já firmado e conquistado junto à sociedade porto-alegrense e metropolitana. Após inúmeros encontros e muitas reflexões foi firmado um acordo de cedência com a chancela do Arcebispo Dom Dadeus Grings. A partir do dia 9 de outubro de 2007, a Escola São Vicente Mártir passa a denominar-se Escola de Ensino Fundamental São Francisco – Zona Sul e a integrar-se à Rede de Escolas São Francisco, sob a Direção Geral do Pe. José Luiz Schaedler, que junto com a mantenedora SBESC, começa a executar as mudanças para fortalecer o ensino de qualidade junto à comunidade da Zona Sul de Porto Alegre.
A proposta de uma Educação de qualidade que forma seres humanos felizes, sadios e prósperos gerou um crescimento no número de alunos e fortaleceu a Escola São Francisco – Zona Sul, que é percebida junto à comunidade dos bairros da Zona Sul de Porto Alegre. Para atender a demanda de alunos, bem como proporcionar um ambiente com uma educação de qualidade, foi construído no ano de 2009 um novo prédio, com seis salas de aula amplas e modernas, inaugurado no dia 20 de novembro do mesmo ano.
O crescimento da Escola São Francisco – Zona Sul se faz visível junto às comunidades no entorno. A procura é muito grande e por isso maior torna-se a responsabilidade de toda a instituição em poder responder às necessidades das famílias com uma educação de qualidade voltada para o conhecimento, como também ser um espaço de convivência que integre e desenvolva a pessoa humana integralmente. Pela educação, forma crianças e jovens para também serem agentes de transformação no mundo, sempre impulsionado-os a viverem o amor de Deus. A Escola São Francisco, como diz o seu lema: “Educando com a graça de Deus!”, continua a obra do Reino de Deus neste mundo, levando todos a assumirem o projeto de vida que Cristo nos ensinou.