A proposta pedagógica da Instituição, através do ensino confessional católico, de caráter educativo, norteia-se pelos princípios cristãos. Visa à formação integral do ser humano, educando-o para o futuro, desenvolvendo a capacidade e espiritualidade humana, sendo atuante na transformação da sociedade, de forma consciente e crítica, sabendo conviver fraternalmente com o outro.

Fundamenta a sua proposta numa concepção de aprendizagem, baseada na visão em que a pessoa aprende através de suas próprias ações sobre o objeto de conhecimento e na interação com o outro e com o meio. A interação acontece por meio de relações dialógicas e participativas, na dinâmica de ação-reflexão, contemplando a mobilização, a construção e a elaboração da síntese do conhecimento.

A prática pedagógica alicerçada na Rede de Escolas São Francisco pressupõe uma metodologia reflexiva e criativa, em que se estabeleçam relações de confiança entre educando e educador, sendo sustentada pelos princípios éticos, políticos e estéticos. O processo metodológico considera a faixa etária dos educandos e sua individualidade.